Des de la tardor del 1996, els formatges Appenzeller® també s'elaboren amb llet biològica (conforme a les normatives Bio-Suisse). No hi ha cap diferència de sabor pel que fa a l'Appenzeller® suau-aromàtic, que ha passat pel mateix temps de maduració. Per fora, només es diferencia per l'estampat de la crosta ("BIO") i l'etiqueta especial "BIO".